Theo đó, mục tiêu tổng thể của dự án là bảo tồn, duy trì lâu dài các giá trị đa dạng sinh học độc đáo của rừng Động Châu-khe Nước Trong, một trong những dải rừng nhiệt đới ẩm trên đất thấp quan trọng bậc nhất còn lại ở Việt Nam và tăng cường các dịch vụ sinh thái khu vực.

Rừng ở khe Nước Trong một trong những dải rừng nhiệt đới ẩm trên đất thấp quan trọng bậc nhất còn lại ở Việt Nam.

Dự án sẽ triển khai thực hiện một số nội dung sau: Tăng cường năng lực và nguồn lực cho công tác thực thi pháp luật để ngăn chặn có hiệu quả hoạt động khai thác bất hợp pháp và xâm lấn rừng, bảo vệ và tăng cường các dịch vụ hệ sinh thái cho khu vực khe Nước Trong; quy hoạch và quản lý bảo tồn khe Nước Trong như một khu Bảo tồn thiên nhiên có hiệu quả; thực hiện dự án bảo tồn các loài chủ chốt của khu vực (các loài đang bị đe dọa tuyệt chủng như: Gà lôi lam mào trắng và Sao la); tăng cường lồng ghép các mục tiêu bảo tồn đa dạng sinh học và quản lý nguồn nước cũng như duy trì, phát triển các dịch vụ sinh thái khác tại khe Nước Trong và vùng cảnh quan xung quanh; xây dựng và nâng cao năng lực quản lý khu khe Nước Trong như một khu bảo tồn thiên nhiên trên thực tế cho chủ rừng và các bên liên quan; nâng cao nhận thức, tạo dựng sự đồng thuận và thúc đẩy sự hỗ trợ của cộng đồng địa phương; giảm áp lực lên tài nguyên rừng khe Nước Trong thông qua cải thiện sinh kế trong vùng đệm…
 
Dự án được thực hiện thông qua sự phối hợp giữa Trung tâm Bảo tồn Thiên nhiên Việt, Chi cục Kiểm lâm Quảng Bình và Ban quản lý rừng phòng hộ Động Châu.
 
Thời gian thực hiện dự án dự kiến khoảng 30 năm, trong đó nguồn vốn cho giai đoạn 2014-2019 là gần 1,5 triệu USD.