Trên cơ sở đề xuất của các cơ quan, đơn vị liên quan, Sở Tài chính tham mưu UBND tỉnh bố trí kinh phí phục vụ xây dựng bảng giá đất, hệ số điều chỉnh giá đất, tỷ lệ phần trăm tính đơn giá thuê đất, mặt nước tại khu chức năng của khu kinh tế theo quy hoạch đã được phê duyệt để triển khai thực hiện; chủ trì, phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường, sở, ban, ngành, địa phương liên quan xây dựng, trình UBND tỉnh ban hành hệ số điều chỉnh giá đất, tỷ lệ phần trăm tính đơn giá thuê đất, mặt nước theo từng vị trí, khu vực, tuyến đường tương ứng với mục đích sử dụng đất tại khu chức năng của Khu kinh tế Hòn La và Khu Kinh tế Cửa khẩu Cha Lo. 
Cục Thuế tỉnh bàn giao hồ sơ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước của tổ chức, cá nhân thuê đất, thuê mặt nước tại các khu chức năng thuộc Khu Kinh tế Hòn La, Khu Kinh tế Cửa khẩu Cha Lo cho Ban Quản lý Khu Kinh tế tỉnh để tiếp tục quản lý, theo dõi, điều chỉnh lại đơn giá thuê đất đối với trường hợp đến thời hạn ổn định lại…

UBND tỉnh cũng yêu cầu Kho bạc Nhà nước tỉnh cung cấp thông tin về tài khoản, địa điểm và tình hình thu nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, mặt nước của các tổ chức, cá nhân được giao đất có thu tiền sử dụng đất, thuê đất, mặt nước hoạt động trong Khu Kinh tế Hòn La, Khu Kinh tế Cửa khẩu Cha Lo cho Ban Quản lý Khu Kinh tế để hướng dẫn và quản lý việc thực hiện nghĩa vụ tài chính, đảm bảo thuận tiện trong giao dịch; đồng thời chịu trách nhiệm tổ chức thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, mặt nước trong khu kinh tế theo đúng chế độ quy định.