Giai đoạn từ năm 2016 đến năm 2020, mục tiêu của chiến lược là đưa 90% cơ sở sản xuất công nghiệp nhận thức được lợi ích của việc áp dụng SXSH trong công nghiệp. Đồng thời, 50% cơ sở sản xuất công nghiệp sẽ áp dụng SXSH và những cơ sở áp dụng SXSH sẽ tiết kiệm được từ 8 đến 13% mức tiêu thụ năng lượng, nguyên liệu, nhiên liệu, vật liệu/đơn vị sản phẩm. Ngoài ra, 90% doanh nghiệp vừa và lớn sẽ có bộ phận chuyên trách về sản xuất sạch hơn. Cũng trong giai đoạn này, mục tiêu của Chiến lược là 90% các Sở Công thương sẽ có cán bộ chuyên trách đủ năng lực hướng dẫn áp dụng sản xuất sạch hơn cho các cơ sở sản xuất công nghiệp.
Thực hiện quy định tại Điều 3, Quyết định số 1419/QĐ-TTg về xây dựng Kế hoạch hành động thực hiện Chiến lược giai đoạn 2016 - 2020 và hoàn thiện bộ máy/đơn vị đầu mối triển khai Chiến lược, các Bộ, ngành, UBND các tỉnh/thành phố trực thuộc Trung ương, các Tập đoàn, Tổng công ty thực hiện đánh giá tình hình triển khai và các kết quả đã đạt được so với mục tiêu, nhiệm vụ của Chiến lược giai đoạn 2009 - 2015; xây dựng và ban hành Kế hoạch hành động thực hiện Chiến lược giai đoạn 2016 - 2020; chủ động huy động và bố trí các nguồn vốn tại Bộ, ngành, địa phương, đơn vị để triển khai thực hiện Kế hoạch hành động.
Đối với các Bộ, ngành, địa phương và đơn vị đã ban hành Kế hoạch hành động thực hiện Chiến lược giai đoạn 2016 - 2020, chủ động huy động và bố trí các nguồn vốn tại Bộ, ngành, địa phương, đơn vị để triển khai các nhiệm vụ đã được phê duyệt.
Bên cạnh đó, các Bộ, ngành, UBND các tỉnh/thành phố trực thuộc Trung ương, các tập đoàn, tổng công ty chỉ định hoặc thành lập mới đơn vị đầu mối về sản xuất sạch hơn và cử cán bộ thuộc đơn vị đầu mối đăng ký tài khoản trên trang thông tin điện tử của Văn phòng giúp việc thực hiện Chiến lược (www.sxsh.vn) để đăng tải thông tin hoạt động liên quan tại Bộ, ngành, địa phương và đơn vị.
Đối với các Bộ, ngành, địa phương và đơn vị đã chỉ định/thành lập đơn vị đầu mối về sản xuất sạch hơn, cần tiếp tục hoàn thiện bộ máy, tăng cường năng lực cho các đơn vị này nhằm triển khai tích cực các nhiệm vụ của Chiến lược.
Các Bộ, ngành, UBND các tỉnh/thành phố trực thuộc trung ương căn cứ mục tiêu, nhiệm vụ của Chiến lược và Kế hoạch hành động thực hiện Chiến lược giai đoạn 2016 - 2020, tiến hành xây dựng Kế hoạch năm 2017 thực hiện Chiến lược; dự kiến và bố trí kinh phí từ nguồn kinh phí của Bộ, ngành, nguồn ngân sách khuyến công và các nguồn vốn khác của địa phương để tổ chức triển khai các nhiệm vụ kế hoạch năm 2017 thực hiện Chiến lược.