1. Lãnh đạo Sở
a) Giám đốc sở là người đứng đầu Sở Nông nghiệp và Môi trường, chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của sở theo Quy chế làm việc và phân công của Ủy ban nhân dân tỉnh.
c) Phó Giám đốc sở là người giúp Giám đốc sở phụ trách, chỉ đạo một số lĩnh vực công tác, chịu trách nhiệm trước Giám đốc sở và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc sở vắng mặt, một Phó Giám đốc sở được Giám đốc sở ủy nhiệm thay Giám đốc sở điều hành các hoạt động của sở. Số lượng Phó Giám đốc sở thực hiện theo quy định của pháp luật.
d) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách đối với Giám đốc, Phó Giám đốc sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo quy định của Đảng, pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ của Ban Thường vụ Tỉnh uỷ.
2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương thuộc Sở:
a) Văn phòng Sở;
b) Phòng Tổ chức cán bộ;
c) Phòng Khoa học, Công nghệ và Chuyển đổi số;
d) Phòng Kế hoạch – Tổng Hợp;
đ) Phòng Quản lý đất đai;
e) Phòng Đo đạc, Bản đồ và Viễn thám;
g) Phòng Khoáng sản và Biến đổi khí hậu;
h) Phòng Quản lý xây dựng công trình;
i) Phòng Biển, Đảo và Tài nguyên nước;
k) Phòng Quản lý môi trường;
Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường có Trưởng phòng, các Phó Trưởng phòng và tương đương. Số lượng Phó Trưởng phòng và tương đương, số lượng biên chế công chức tối thiểu của mỗi phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương thuộc Sở phải đảm bảo theo quy định của pháp luật hiện hành.
3. Các Chi cục thuộc Sở, gồm:
a) Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật;
b) Chi cục Chăn nuôi và Thú y;
c) Chi cục Kiểm lâm;
d) Chi cục Thuỷ lợi và Phòng, chống thiên tai;
đ) Chi cục Thủy sản và Kiểm ngư;
g) Chi cục Kinh tế hợp tác và Quản lý chất lượng
Các Chi cục thuộc sở có tư cách pháp nhân, con dấu, trụ sở và tài khoản riêng để hoạt động; có Chi cục trưởng và các Phó Chi cục trưởng. Số lượng Phó Chi cục trưởng và số lượng biên chế công chức tối thiểu của Chi cục thuộc Sở, mỗi phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương thuộc Chi cục phải đảm bảo theo quy định của pháp luật hiện hành.
4. Đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở, gồm:
1) Trung tâm Giống Nông nghiệp;
2) Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn;
3) Trung tâm Khuyến nông;
4) Văn phòng Đăng ký đất đai;
5) Trung tâm Quy hoạch thiết kế Nông, lâm, thuỷ sản;
6) Trung tâm Công nghệ thông tin – Truyền thông Nông nghiệp và Môi trường;
7) Trung tâm Quan trắc Nông nghiệp và Môi trường;
8) Trung tâm Kỹ thuật Nông nghiệp và Môi trường;
9) Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng ngành Nông nghiệp và Môi trường;
10) Ban Quản lý Cảng cá và Đăng kiểm tàu cá;
11) Ban quản lý Khu dự trữ thiên nhiên Động Châu - Khe nước Trong;
12) Ban quản lý Rừng phòng hộ Đồng Hới và ven biển tỉnh Quảng Trị;
13) Ban quản lý Rừng phòng hộ lưu vực sông Bến Hải;
14) Ban quản lý Rừng phòng hộ lưu vực sông Thạch Hãn;
15) Ban quản lý Rừng phòng hộ Hướng Hóa – Đakrông;
16) Ban quản lý Rừng phòng hộ Tuyên Hóa
17) Ban quản lý Rừng phòng hộ Minh Hóa
18) Ban quản lý Rừng phòng hộ Quảng Ninh
19) Ban quản lý Rừng phòng hộ Quảng Trạch
20) Ban quản lý Rừng đặc dụng Nam Quảng Trị;
Các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng để hoạt động, chịu sự quản lý, chỉ đạo, điều hành của Sở Nông nghiệp và Môi trường, đồng thời chịu sự hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của các cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền.
 Các đơn vị sự nghiệp công lập có cấp trưởng và cấp phó. Số lượng Phó Giám đốc thực hiện theo quy định hiện hành.